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Dopo la caduta dell'Impero Romano d'Occidente, nel 476 d.C., le invasioni barbariche e l'instabilità politica rendono insicure le campagne: le società si ritirano in luoghi chiusi e protetti, i castelli e i monasteri, che diventano i luoghi di riferimento per la civiltà e la cultura durante il lungo arco dell'epoca Medievale.
Anche l'arte dei giardini, come le altre forme della cultura, in Europa, viene preservata attraverso queste strutture, laiche e religiose, dove si definiscono due tipologie che racchiudono l'essenza del giardino medievale: quella dell' "hortus deliciarum", giardino paradisiaco fonte di piaceri terreni, frutto della cultura cortese e troubadour, e quella dell' "hortus conclusus", simbolo della Chiesa, in cui si esprimono i principi fondamentali della religione cattolica.” (Da IL GIARDINO di Fiorella Rabellino www.naturaeartificio.it)

“Proprio all’interno dei monasteri, il lavoro della terra e la frequentazione delle opere naturalistiche degli antichi consentivano la ripresa della coltivazione di spazi accuratamente chiusi o recintati, nei quali si coltivavano tanto piante aromatiche e salutari(e qui il giardino si rivelava fondamentale nella cura del corpo) quanto legumi, ortaggi, alberi da frutto per la mensa comune e fiori per l’altare.” (Da ORTO MEDIEVALE ,Università di Perugia, Dipartimento di Biologia vegetale www.naturaeartificio.it )

Durante tutto l’Alto Medioevo, i monasteri, disseminati lungo le grandi vie di pellegrinaggio verso la Terra Santa, si dedicarono all'assistenza dei pellegrini ammalati, oltre alla costruzione ed alla gestione di altri centri di assistenza (xenodochi) presso ai monasteri stessi. Si diffusero anche i  medici - monaci vaganti.

I Benedettini fondarono le scuole di Carlomagno ed egli ne ampliò la diffusione. Nell’ 805 Carlomagno ordinò che la medicina, sotto il nome di fisica, fosse introdotta nei programmi regolari di insegnamento.

Si registra che il monastero di San Gallo nell’820 avesse un giardino di erbe mediche, 6 camere per malati, una farmacia e un alloggio speciale per i medici. Questo fu forse il primo esempio di ospedale nell’Europa Occidentale.

Le infermerie monastiche raggiunsero talvolta ragguardevoli dimensioni. Gli statuti dei monasteri cistercensi ricordano spesso l'infermeria riservata ai poveri, infirmarium pauperum; inoltre i conventi erano spesso forniti di appositi edifici per l'isolamento e la cura dei lebbrosi e degli appestati.

Per semplice (in latino medievale “medicamentum simplex”) si intendeva un erba medicinale o un medicamento fatto con erbe medicinali.

Quindi l’orto dei semplici o giardino dei semplici, era quella zona del monastero deputata alla coltivazione delle erbe e delle piante medicinali.

Secondo alcuni il lemma “orto” dovrebbe indicare quella zona dove le piante venivano coltivate a scopo utilitaristico (alimentare, medicinale ecc.) mentre il lemma “giardino” dovrebbe essere riservato esclusivamente a quelle zone dove le piante venivano coltivate per scopi estetici. Nella pratica questa distinzione non è così rigorosa e i due termini vengono indifferentemente usati l’uno al posto dell’altro.

Per tutto il Medioevo era rimasta incontrastata l’autorità di agronomi e botanici dell’età romana come Catone, Columella, Dioscoride e Plinio, assorbendo, nello stesso tempo, una ricca serie di elementi culturali derivati dalla tradizione popolare; la medicina erudita tendeva quindi a superare solo in parte il patrimonio di conoscenze trasmesso oralmente, che rappresentava una parte vitale delle conoscenze erboristiche del tempo.  

Agli albori del 1500, proprio negli anni in cui Copernico e Vesalio operavano vere e proprie rivoluzioni nel campo delle scienze del cosmo e dell’uomo, anche lo studio delle piante riceveva un grande impulso dalla pubblicazione del Commento al De materia medica di Dioscoride ad opera di Pietro Andrea Mattioli (1500-1577). La portata innovatrice di quest’opera consisteva nella rivisitazione critica, e non solo in senso filologico, dell’opera di Dioscoride, sottoposta a un vaglio accuratissimo dal punto di vista della identificazione delle piante e del loro utilizzo, al fine di fornire a medici e speziali un testo affidabile che desse chiare ed inequivocabili indicazioni per il riconoscimento dei semplici (con un dettagliatissimo apparato iconografico) e spiegazioni esaurienti in relazione alla preparazione dei medicamenti.   

Ma è proprio in quegli anni che si verificano altre due innovazioni istitituzionali di grande importanza: la creazione di insegnamenti autonomi all’interno delle Università e l’allestimento di Orti all’interno degli spazi accademici, diversi quindi dal classico Giardino dei Semplici dei monasteri medievali.

E’  questo il periodo in cui il collezionismo botanico acquista un preciso intendimento scientifico e, di conseguenza, si attua la grande metamorfosi del “giardino”. La sua trasformazione in orto dei semplici a carattere accademico e, successivamente, in orto botanico dedicato alla coltura disciplinata e allo studio delle diverse piante, permette la nascita delle prime strutture di questo genere in Italia (Pisa nell’estate del 1543, Padova il 7 luglio 1545, Firenze il 1° dicembre 1545), seguite poi da altri orti nei vari paesi d’Europa. E’ importante sottolineare che  questi orti nacquero come sussidio all’insegnamento universitario per l’ostensione dei semplici, per poi accogliere, successivamente, anche piante di altro interesse pratico o finalizzate allo sviluppo degli studi botanici.

Successivamente, anche in altre città italiane vennero fondati degli Orti botanici che risultano tutt’oggi inseriti nelle Università in cui è previsto un insegnamento di Botanica: Torino, Modena, Parma, Pavia, Palermo, Bologna, Genova, Urbino, Napoli, Camerino, Siena, Catania, Cagliari (1864), Messina, Roma ecc..